Dispone de metodologías confirmadas para la aplicación en el levantamiento de información de línea base para la evaluación y seguimiento de variables bióticas y abióticas en matrices ambientales marinas. Entre ellas están: pH, salinidad, temperatura, turbidez, sólidos suspendidos, oxígeno disuelto, clorofila a, nutrientes (amonio, nitritos, nitratos, fosfatos y silicatos), carbono orgánico disuelto, oxidabilidad de la materia orgánica, metales pesados (Cd, Pb, Hg, Cu, Zn, As, entre otros), hidrocarburos aromáticos políciclicos (16 prioritarios según EPA). Así mismo, dispone de una instrumentación especializada representada en un Cromatógrafo de Gases con Triple Cuadrupolo y FID, Espectrómetro de Absorción Atómica con horno de grafito, Analizador de Carbono Orgánico, Fluorómetro, Espectrofotómetros, entre otros. Este laboratorio durante el periodo 2004 - 2015 mantuvo implementado su Sistema de Gestión Calidad y acreditado sus procesos bajo los lineamientos de la NTC ISO IEC/17025:2005.