Dispone de metodologías confirmadas y equipos especializados para la determinación de bacterias indicadoras de contaminación fecal, así como aquellas de interés en la salud pública asociadas a las actividades marítimas. Entre ellas están: Coliformes totales, Escherichia coli, Entecococcus intestinales, Vibrio spp, Mesófilos aerobios (heterótrofos), entre otras capacidades. Esta área cuenta con instrumentación especializada representada en tres autoclaves automáticas, dos cabinas de seguridad biológica, un ultracongelador, tres incubadoras, entre otros.